เดิมที่ว่าการอำเภอองครักษ์ ตั้งอยู่ที่ตำบลบางอ้อ อำเภอบ้านนา ในปัจจุบัน เมื่อประมาณ ปี พ.ศ.2432 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ได้พระราชทานพระบรมราชานุญาตพิเศษแก่บริษัทคูนาสยาม ซึ่งหม่อมราชวงศ์ สุวรพรรณ สนิทวงศ์ ณ อยุธยา เป็นประมุขให้จัดการขุดคลองซอยตัดท้องทุ่ง ระหว่างแม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำนครนายก โดยให้สิทธิแก่บริษัทฯ ในการขายที่ดินทั้งสองฝั่งคลองเพื่อจัดเป็นที่นาได้ บริษัทฯ ได้ขุดคลองสายกลางสายหนึ่งจากแม่น้ำเจ้าพระยา ไปทะลุแม่น้ำนครนายก พร้อมตัดคลองซอยจากทั้งสองฝั่งสายกลางนี้โดยได้รับพระราชทานนามว่า “คลองรังสิตประยูรศักดิ์” ประตูน้ำปิด – เปิด ด้านแม่น้ำเจ้าพระยาได้ พระราชทานนามว่า “ประตูน้ำจุฬาลงกรณ์” ส่วนประตูน้ำทางด้านแม่น้ำนครนายก พระราชทานนามว่า “ประตูน้ำเสาวภาผ่องศรี” หลังจากนั้นได้ย้าย ที่ว่าการอำเภอมาตั้งอยู่ใกล้ ๆ ปากคลอง 16 ซึ่งห่างจากที่ว่าการอำเภอประมาณ 4 กิโลเมตร ตั้งอยู่ได้ประมาณ 20 ปี จึงได้ย้ายมาอยู่ฝังใต้คลองรังสิต (ติดกับประตูน้ำเสาวภาผ่องศรี) และต่อมาได้ย้ายมาอยู่หลังตลาดเสาวภา ซึ่งห่างจากที่เดิม 500 เมตร ซึ่งเป็น ที่ว่าการอำเภอองครักษ์ในปัจจุบัน
ที่มาของชื่อ “อำเภอองครักษ์” มีตำนานว่าเมื่อครั้งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จ ประพาสต้นแถบนี้ และได้พักประทับแรม ณ บริเวณแม่น้ำนครนายก ซึ่งเป็นที่ตั้งของศาลเจ้าพ่อองครักษ์ในปัจจุบัน ในระหว่างประทับแรมนั้น นายทหารราชองครักษ์ได้ป่วยเสียชีวิตลง จึงโปรดให้ตั้งศาลเพื่อเป็นอนุสรณ์ อำเภอแห่งนี้จึงได้รับการเรียกขานว่า “อำเภอองครักษ์”
แบ่งการปกครองออกเป็น 13 อำเภอ
-
- พระอาจารย์
- บางสมบูรณ์
- ศีรษะกระบือ
- บางลูกเสือ
- บางปลากด
- ทรายมูล
- คลองใหญ่
- โพธิ์แทน
- บึงศาล
- ชุมพล
- องครักษ์
- เทศบาลตำบลองครักษ์
ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอหนองเสือ (จังหวัดปทุมธานี) และอำเภอบ้านนา
ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบ้านนาและอำเภอเมืองนครนายก
ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอบ้านสร้าง (จังหวัดปราจีนบุรี) และอำเภอบางน้ำเปรี้ยว (จังหวัดฉะเชิงเทรา)
ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอลำลูกกา อำเภอธัญบุรี และอำเภอหนองเสือ (จังหวัดปทุมธานี)