เมื่อประมาณ ร.ศ. ๑๑๙ (พ.ศ.๒๔๓๓) อำเภอโคกโพธิ์ขึ้นอยู่กับเมืองหนองจิก ซึ่งเป็น ๑ ใน ๗ หัวเมืองที่แยกมาจากเมืองปัตตานีเดิม ได้แก่ ปัตตานี หนองจิก ยะหริ่ง สายบุรี ยะลา ระแงะ และรามัน ต่อมา ร.ศ.๑๒๕ ในสมัยของพระบาทสมเด็จ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้จัดตั้งการปกครองมณฑลปัตตานีขึ้น โคกโพธิ์จึงได้ยกฐานะเป็นอำเภอเป็นอำเภอแยกจากเมืองหนองจิก เป็นอำเภอใหม่ เรียกว่า อำเภอเมืองเก่า ตั้งอยู่ที่หมู่ที่ ๑ บ้านนาเกตุ ตำบลมะกรูดต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอมะกรูด ตามชื่อของตำบลที่ตั้งที่ว่าการอำเภอ
ในปี พ.ศ. ๒๔๗๒ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๗ และสมเด็จพระนางเจ้ารำไพพรรณี พระราชินีนาถได้เสด็จมาทอดพระเนตรสุริยุปราคา ได้พิจารณาหาสถานที่เป็นที่ประทับและตั้งกล้องดูดาวทรงเห็นว่า บริเวณหลังสถานีรถไฟโคกโพธิ์ ซึ่งเป็นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอโคกโพธิ์ ซึ่งเป็นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอ ในปัจจุบันมีสภาพเหมาะสม จึงได้สร้างพลับพลาที่ประทับและที่พักสำหรับคณะเจ้าหน้าที่ และเมื่อเสร็จการรับเสด็จอาคารที่ก่อสร้างไว้นั้น มีจำนวนหลายหลังที่สามารถใช้เป็นที่ว่าการอำเภอและบ้านพัก จึงได้ย้ายที่ว่าการอำเภอมาอยู่ ณ สถานที่แห่งนี้จนถึงปัจจุบัน
พ.ศ. ๒๔๘๒ ได้เปลี่ยนชื่อจากอำเภอมะกรูดเป็นอำเภอโคกโพธิ์ ตามชื่อของตำบลของอำเภอโคกโพธิ์ มาจนถึงปัจจุบัน
พ.ศ. ๒๕๔๐ ได้ก่อสร้างอาคารที่ว่าการอำเภอหลังใหม่แทนอาคารหลังเก่าที่ชำรุด เป็นอาคาร ๓ ชั้น
ท่องเที่ยวปัตตานี ที่อำเภอโคกโพธิ์ ต้องแวะวัดราษฎรบูรณะ (วัดช้างไห้) กราบสักการะหลวงปู่ทวดวัดช้างไห้ เพื่อความเป็นศิริมงคลแก่ชีวิต อีกทั้งยังมีอุทยานน้ำตกทรายขาว ให้ได้ผ่อนคลายความร้อนจากอากาศให้เย็นฉุ่มฉ่ำอีกนะคะ
