อ.คลองขลุง เป็นอำเภอหนึ่งใน 7 อำเภอ ของจังหวัดกำแพงเพชร แต่เดิมเรียกชื่ออำเภอนี้ว่า "อำเภอขาณุ" ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการในราชกิจจานุเบกษาเล่ม 35 หน้า 583 ลงวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2464 ซึ่ง "ขาณุ" มีความหมายว่า "ตอ" ครั้นต่อมา ได้มีพระราชกฤษฏีกาเปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอนี้ใหม่ให้เหมาะสมกับสภาพท้องที่ คือ "อำเภอคลองขลุง" เนื่องจากบริเวณที่ตั้งของที่ว่าการอำเภอมีลำคลองขลุงไหลผ่าน
ในระยะเริ่มแรกนั้น ไม่ทราบแน่ชัดว่าอำเภอคลองขลุงประกอบด้วยจำนวนตำบล หมู่บ้านเท่าใด ทราบแต่เพียงว่า ก่อนปี พ.ศ.2490 เล็กน้อย กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งกิ่งอำเภอแสนตอแยกจากอำเภอคลองขลุง ประกอบด้วยตำบลแสนตอ ตำบลยางสูง ตำบลระหาน ตำบลสลกบาตร และตำบลบ่อถ้ำ และในปี 2490 กิ่งอำเภอแสนตอได้รับการยกฐานะเป็นอำเภอ โดยเปลี่ยนชื่อใหม่ว่าอำเภอขาณุวรลักษบุรี ทำให้พื้นที่การปกครองของอำเภอคลองขลุงลดลงเหลือ 8 ตำบล จากนั้นอำเภอได้แยกตำบลหมู่บ้านเพิ่มขึ้นตามลำดับ จนกระทั้งถึงปี 2535 มีพื้นที่การปกครอง 16 ตำบล 145 หมู่บ้าน
กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศยกฐานะพื้นที่ของอำเภอคลองขลุงจัดตั้งเป็นกิ่งอำเภอเพิ่มขึ้นอีก 2 กิ่งอำเภอ คือ กิ่งอำเภอทุ่งทราย จัดตั้งเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2535 มีเขตการปกครอง 3 ตำบล 30 หมู่บ้าน ประกอบด้วยตำบลทุ่งทราย ตำบลทุ่งทอง และตำบลถาวรวัฒนา ในปีต่อมาจัดตั้งกิ่งอำเภอปางศิลาทองเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2536 มีเขตการปกครอง 3 ตำบล 27 หมู่บ้าน ประกอบด้วยตำบลโพธิ์ทอง ตำบลหินดาต และตำบลปางตาไว
ในปัจจุบันอำเภอคลองขลุงมีพื้นที่การปกครอง 10 ตำบล 103 หมู่บ้าน ประกอบด้วย ตำบลคลองขลุง ตำบลวังไทร ตำบลวังแขม ตำบลวังบัว ตำบลหัวถนน ตำบลคลองสมบูรณ์ ตำบลท่ามะเขือ ตำบลท่าพุทรา ตำบลวังยางและตำบลแม่ลาด

เขตการปกครอง
อำเภอคลองขลุงแบ่งเขตการปกครองย่อยออกเป็น 10 ตำบล 101 หมู่บ้าน ได้แก่
1. | คลองขลุง | (Khlong Khlung) | 6. | วังแขม | (Wang Khaem) | |||||||||||
2. | ท่ามะเขือ | (Tha Makhuea) | 7. | หัวถนน | (Hua Thanon) | |||||||||||
3. | ท่าพุทรา | (Tha Phutsa) | 8. | วังไทร | (Wang Sai) | |||||||||||
4. | แม่ลาด | (Mae Lat) | 9. | วังบัว | (Wang Bua) | |||||||||||
5. | วังยาง | (Wang Yang) | 10. | คลองสมบูรณ์ | (Khlong Sombun) |
คำขวัญ
ดินแดนหลวงพ่อปลอดภัย ผลไม้รสดี มีชื่อไม้ดอกไม้ประดับ