อำเภอบันนังสตา เดิมชื่อว่า อำเภอบาเจาะ ขึ้นกับเมืองรามัน เมื่อปี พ.ศ.2450 ต่อมาได้มีการยกเลิกหัวเมืองต่าง จึงได้ย้ายอำเภอมาตั้งที่แห่งใหม่แล้วตั้งชื่อว่า บันนังสตา เป็นภาษามลายูปัตตานี หมายถึง "นามะปราง"(คำว่า "บันนัง" หมายถึง นา ส่วนคำว่า "สตา" หมายถึงต้นมะปราง) รวมกันจึงมีความหมายว่า "นามะปราง" หรือ "ที่นาที่มองเห็นต้นมะปรางได้แต่ไกล

การปกครองส่วนท้องถิ่น

อำเภอบันนังสตาประกอบด้วยองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 7 แห่ง ได้แก่

1. เทศบาลตำบลบันนังสตา ครอบคลุมพื้นที่บางส่วนของตำบลบันนังสตา
2. เทศบาลตำบลเขื่อนบางลาง ครอบคลุมพื้นที่ตำบลเขื่อนบางลางทั้งตำบล
3. องค์การบริหารส่วนตำบลบันนังสตา  (เฉพาะนอกเขตเทศบาลตำบลบันนังสตา)
4. องค์การบริการส่วนตำบลบาเจาะ
5. องค์การบริหารส่วนตำบลตาเนาะปูเต๊ะ
6. องค์การบริหารส่วนตำบลถ้ำทะลุ
7. องค์การบริหารส่วนตำบลตลิ่งชัน